과거완료 시제 질문드려요, 인터넷수능 지문입니다

지문에 “the entire civilization had begun to settle”이라는 표현이 나와요.
밑줄 친 부분은 문명이 안정되기 시작했다는 뜻인데, 안정되기 시작한 시점이 뒤인 것 같아 왜 과거완료를 썼는지 궁금합니다.
그리고 “that”절이 진주어라면 빨간색으로 표시된 부분도 진주어인지 알고 싶어요.